每到节日，保健品市场就十分活跃，但市场上鱼龙混杂，为了构建放心的消费环境，监管部门应该严厉打击违法犯罪行为，依法维持市场秩序。但是，在新的指导性法规暂未出台的大背景下，执法人员在处罚保健食品相关违法行为时，该如何正确把握相关法规，成为困扰各地药监部门的一大难题。
保健食品的基本属性仍然属于食品的范畴，适用《食品安全法》的各项基本原则。在《保健食品监督管理条例》出台之前，《食品安全法》的各项法律责任条款对于处理保健食品相关违法案件都适用。《食品安全法》第52条实际已经明确了国家对保健食品依法监管的基本原则，就是要“实行严格监管”。也就是说，对保健食品的监管要求应高于普通食品。对普通商品实施监管的各项要求，无疑也适用于保健食品行业。
另外，保健食品标示有特定保健功能，而普通食品不可以标示保健功能。在监管体制方面，国家对保健食品实行品种监管，由食品药品监管部门实施全程监管，而不像普通食品那样实施分段监管。国务院《食品安全法实施条例》第63条对此作出了明确规定。此外，在新的监管措施出台之前，原有的各项具体监管要求，只要与新法没有原则冲突的，应该继续有效。
对于无证生产和经营保健食品的行为，应依据《食品安全法》第84条规定进行处罚：除依法没收其违法所得、违法生产经营的保健食品和用于违法生产经营的工具、设备、原料等外，还应并处罚款。违法生产经营的保健食品货值不足1万元的，并处2000元以上50000元以下罚款；货值10000元以上的，并处货值金额5倍以上10倍以下罚款。
在保健食品监管领域，假冒品种问题包括几种情况：一是假冒其他企业的合法保健食品品种，即盗用持证企业的合法保健食品批准文号。此类违法行为包括盗用国家批准的合法进口保健食品注册文号。二是杜撰保健食品批准文号，此类文号在国家监管部门的数据库中无法查到。此种违法行为包括杜撰保健食品的进口注册文号。三是盗用合法保健食品生产企业名称。四是杜撰保健食品生产企业名称。对于以上四种行为的处罚，应根据案发于不同环节适用不同的处罚条款。
保健食品的标签、说明书不符合规定的情形比较多，目前执法过程中应重点对以下违法行为加大处罚力度：一是标签、说明书的内容直接或间接涉及对疾病的预防、治疗功能的表述；二是标签、说明书中标示的主要原料、功效成分及含量等与国家批准的不符；三是标示的保健功能与国家批准的不符；四是适宜人群与不适宜人群的标示与规定不一致；五是其他有关项目明显违规。
对于标签、说明书不符合法律规定的处罚依据主要是《食品安全法》第86条规定。
对于在保健食品中添加药品的违法行为，其处罚依据在《食品安全法》第86条中有非常明确的规定。但目前尚有两大难题亟需解决：一是对保健食品抽样检测经费问题，这需要省级药监部门与各级政府共同研究解决途径。二是对保健食品的许多违法添加行为，采用食品安全国家标准规定的检验方法和检验项目常常不能检验，检验机构摸索的补充检验方法和检验项目需经国家食品药品监督管理部门批准后，其检验结果方可作为食品药品监督管理部门实施行政处罚的依据。但这一过程往往漫长，必然影响到对违法添加行为的打击力度。目前可以采取的措施是监管机构内部资源的整合利用：对于高度怀疑有违法添加行为的保健食品，由保化和稽查执法部门共同组织抽样送检，并依据抽样结果进行处理。
当前，需要重点关注的几类保健食品是：调节血糖类、改善睡眠类、减肥类、抗疲劳类、辅助降血压类、辅助降血脂类等。
以普通食品冒充保健食品的情况比较复杂，在处罚时必须根据不同的违法情节，适用相关法律条款。在查处过程中，需要注意把握的是，此类违法产品的包装、标签和说明书内容多有违规，常常存在直接或者间接描述保健功能和预防、治疗疾病的内容，标示的原辅材料也往往存在药品成分，还有就是存在虚假宣传、以欺骗手段促销等。
普通食品的标签、说明书等内容涉及保健功能及疾病的预防、治疗等功能的，可依据《食品安全法》第87条规定实施处罚。此类案件有几个特殊性：一是涉及保健功能的食品，在《食品安全法》中适用“例外原则”；二是如果在标签、说明书中涉及疾病的预防、治疗功能，实际上就是非药品冒充药品的行为，违反了《药品管理法》的有关规定；三是涉及保健功能及疾病预防、治疗功能的问题，专业性相对较强，其他监管部门在处理此类案件时有些为难，且缺少对食品中添加药品的专业检测能力。
涉及保健食品违法行为的泛滥，严重危害了百姓的身心健康，损害了政府形象，因此，药监部门必须主动作为，加大打击力度。有的违法分子虽然未在普通食品标签、说明书中添加虚假内容，却大肆采取虚假宣传、欺骗促销手段兜售产品，在这种情况下，执法部门应高度怀疑其产品中非法添加了药品成分，可对其产品采样检测，然后根据检测结果依法处理。